Zakażenia górnych i dolnych dróg oddechowych - zapalenie migdałków podniebiennych, zapalenie gardła, zapalenie ucha środkowego, zapalenie zatok, zapalenie oskrzeli, zapalenie płuc, wywołane przez Haemophilus influenzae, Klebsiella spp., Streptococcus pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia pneumoniae. Zakażenia dróg moczowych - odmiedniczkowe zapalenie nerek, zapalenie pęcherza moczowego, zapalenie cewki moczowej, wywołane przez Chlamydia trachomatis, Ureaplasma urealyticum, Klebsiella species, Enterobacter species, Escherichia coli, Streptococcus faecalis. Choroby przenoszone drogą płciową, wywołane przez Chlamydia trachomatis, kiła (Treponema pallidum), wrzód miękki (Haemophilus ducreyi), ziaminiak pachwinowy (Calymmatobacterium granulomatis), rzeżączka (Neisseria gonorrhoeae). Zakażenia tkanek miękkich, wywołane przez wrażliwe szczepy Clostridium spp., Propionibacterium acnes. Zakażenia przewodu pokarmowego, wywołane przez enteropatogenne szczepy Escherichia coli (biegunka podróżnych), Entamoeba histolytica, Shigella spp., Vibrio cholerae, Clostridium spp. Zakażenia okulistyczne - w wyniku zakażeń wywołanych przez szczepy gronkowców i dwoinki rzeżączki, Haemophilus influenzae, przewlekłe zapalenie spojówek wywołane przez Chlamydia trachomatis (jaglica); może być leczone samą doksycykliną lub w połączeniu z lekami działającymi miejscowo. Borelioza z Lyme. Inne zakażenia - papuzica (Chlamydia psittaci), bruceloza (Brucella spp.) w skojarzeniu ze streptomycyną, dżuma (Yersinia pestis), tularemia (Francisella tularensis). Zapobieganie malarii. Podejmując decyzję o leczeniu doksycykliną należy wziąć pod uwagę oficjalne zalecenia dotyczącestosowania leków przeciwbakteryjnych.
